Skuodo reikšmė pradėjo didėti nuo 1523 – 1529 m. kai buvo nustatyta tikslesnė Kuršo ir Žemaičių riba, jis tapo pasienio miestu ir nuosavybės teisėmis atiteko didikams Chodkevičiams.

Lietuvos kariuomenės reikalams Livonijos kare Jonas Jeronimas Chodkevičius išleido nemažai savo lėšų. Joms padengti 1565 m. iš Lietuvos Didžiojo kunigaikščio Žygimanto Augusto gavo leidimą valdyti Žemaičių seniūnijos valstybinius Grūstės, Gintališkės ir Viešvėnų valsčius. Visas šias valdas po trejų metų už nuopelnus valstybei – Žygimantas Augustas dovanojo jam amžinam naudojimui.

Tokiu būdu 1568 m. jam atiteko Skuodo miestelis, įsikūręs kairiajame Bartuvos upės krante. Siekdamas pagyvinti prekybinį ir ekonominį gyvenimą, šalia Skuodo dvaro ir prie jo prigludusio miestelio, tik kitame Bartuvos upės krante, Jonas Jeronimas Chodkevičius pagal parengtą planą pastatė naują miestą ir pavadino jį savo vardu Johanesburgu (vokiškai – Jono miestas). Jis 1572 m. gegužės 17 d. išdavė privilegiją miestelėnams Magdeburgo (savivaldos) teisę ir pakvietė mieste apsigyventi amatininkus ir pirklius, vokiečius iš Livonijos. Miestas turėjo vėliavą, herbą, antspaudą.

Žydams ir kitiems nekrikštams, naujajame mieste nebuvo leidžiama kurtis. Jų teisės buvo ribojamos. Jie kūrėsi senamiestyje, turėjo savo trikampę turgaus aikštę, maldos namus ir kitus pastatus.

Mirus Jonui Jeronimui Chodkevičiui Skuodu toliau rūpinosi sūnus Jonas Karolis Chodkevičius. Jis globojo katalikų bažnyčią, prie jos 1614 m. įkūrė parapinę mokyklą – pirmąją mokyklą Skuode.

Po Jono Karolio mirties 1579 m., jo turtus ir valdas paveldėjo duktė Ona Scholastika, kuri ištekėjo už Jono Stanislovo Sapiegos. Ji savo turtą kaip kraitį užrašė savo vyrui.

Sapiegos Skuode pastatė rūmus su apie juos stovinčiais dvarui priklausiančiais pastatais. Istoriniuose šaltiniuose yra tik vienas sakinys -,,Patys Sapiegos Skuode turėjo dvarą, kur buvo pasistatę rūmus, tačiau šio vardo jų gyvenamieji pastatai vargiai buvo verti: niekuo ypatingi, tamsūs, šalti“. Skuodas žymių Lietuvos didikų Sapiegų valdžioje išbuvo ir savivalda naudojosi iki 1831 m. sukilimo. Nuslopinus sukilimą Skuodas perduotas caro iždo žinion. Sapiegų rūmai Skuode perdirbti į kareivines.

Iki Pirmojo pasaulinio karo pabaigos dvare veikė žydų ir lietuvių mokyklos, gyveno stačiatikių popas su šeima. Kurį laiką rusų valdininkai ir jų šeimos nariai melsdavosi viename buvusio dvaro kambaryje.

1918 m. Skuodo dvaro rūmuose įsteigta Skuodo gimnazija, kuri veikė iki Antrojo pasaulinio karo. Karo metu pakaitomis – tai vokiečių, tai rusų karo ligoninės. Vėliau įvairios švietimo ir kultūros įstaigos.

Nuo 1966 m. – Skuodo muzikos mokykla.

1991 m. istoriniame pastate darbą pradėjo Skuodo muziejus.