Nuo XVI a. vidurio Skuodo istorija glaudžiai susijusi su galingais ir įtakingais LDK didikais Chodkevičiais. Jie buvo renkami Žemaitijos seniūnais, administravo valstybines valdas, įsigijo dvarų, rūpinosi miestų augimu, švietimu. 1572 m. gegužės 17 d. išrūpino Skuodui Magdeburgo privilegiją (t. y. suteikė miestui savivaldą). Miestas pavadintas Johanesbergu. Jonas Jeronimas Chodkevičius užaugo protestantiškoje aplinkoje, todėl aktyviai rėmė reformacijos judėjimą. Johanesberge pastatė evangelikų liuteronų bažnyčią (1564–1569), Skuode 1567 m. pastatytas Mūro kryžius, skirtas pirmosioms katalikiškoms misijoms. Mūro Kryžius – šventa vieta skuodiškiams. Prie jo prasideda ir vyksta visos valstybinės šventės, pakeliamos vėliavos. Miestas turėjo ir savo rotušę – viduramžių miestų savivaldos būstinę su bokštu ir laikrodžiu. Jono Jeronimo sūnus Jonas Karolis toliau rūpinosi tėvo įkurtu Johanesbergo miestu, globojo katalikų bažnyčią, prie jos 1614 m. įkūrė parapinę mokyklą – pirmąją mokyklą Skuode. Didikai Chodkevičiai daug padarė, kad Skuodas taptų europietišku miestu, o skuodiškiai nepamirštų vietos kurioje gimė ir jaustųsi europiečiais.