Muziejus įsteigtas 1991 m. gruodžio 30 d. Skuodo rajono valdybos potvarkiu. Pirmiesiems lankytojams Skuodo muziejus duris atvėrė 1992 m. rugpjūčio mėnesį, pažymint Skuodo miesto savivaldos 420-ąsias metines. Muziejaus steigimo entuziastai – Juozas Vyšniauskas, Evaldas Razgus, Vytautas Mačiulis, Rymantė Šmaižienė ir tuo metu Skuodo savivaldybei ir Kultūros skyriui vadovavę žmonės. Tai žmonės, kurie prabilo apie muziejaus reikalingumą  Skuode ir jiems padedant buvo įsteigtas muziejus.
Muziejus įkurtas Skuodo dvarvietės patalpose, kurios mena daug istorinių Skuodo miesto įvykių. Šiame pastate 1918 metais buvo įkurta pirmoji Skuodo gimnazija, vėliau veikė daug kitų kultūrinių įstaigų,   paskutinė – muzikos mokykla. Todėl muziejaus pastate ir šiandien gyva istorinė ir muzikinė dvasia.
Pirmas muziejaus direktorius – Evaldas Razgus. Jis kūrė muziejų, organizavo jo veiklą. Jam vadovaujant muziejus paminėjo ir savo vaikystės jubiliejų – penkmetį. Kartu su direktoriumi pradėjo dirbti vyr. fondų saugotoja Aldona Ozolienė. Šis laikotarpis buvo sunkiausias, tai – kūrimosi laikotarpis. Muziejus gavo tik patalpas, bet negavo jokio palikimo, nebuvo nė vieno eksponato. Todėl pirmiausia reikėjo paruošti, sutvarkyti muziejaus patalpas, pasirūpinti ekspoziciniais baldais. Kitas svarbus uždavinys buvo eksponatų rinkimas ir kaupimas.  Be surinktų eksponatų muziejus negalėtų egzistuoti. Pirmus eksponatus dovanojo privatūs asmenys: J. Vyšniauskas, V. Girdžiūnas, R. Šmaižienė, P. Brazauskas ir daugelis kitų. Dalį eksponatų atidavė Bartuvos vidurinė mokykla iš buvusio savo muziejaus. Eksponatai buvo perkami iš Skuodo rajono savivaldybės skirtų lėšų ir paties muziejaus spec. lėšų. Kasmet muziejaus fondai pasipildo žmonių dovanotais eksponatais, taip pat renkami per ekspedicijas, išvykas.
1997 m. muziejuje įsteigtas istoriko etatas. Istorike muziejuje pradėjo dirbti Irena Marcinkevičienė. Tais pačiais metais Evaldui Razgui išėjus į kitas pareigas, muziejaus direktore pradėjo dirbti Irena Marcinkevičienė.
Nuo 2002 m. Skuodo muziejaus direktore dirba Aldona Ozolienė.
Šiuo metu muziejuje sukaupta per 20 000 tūkstančių eksponatų. Didžiąją dalį sudaro etnografiniai, istoriniai, tautodailės eksponatai. Nemažas archeologijos eksponatų rinkinys, kurį sudaro radiniai iš Apuolės, Klaišių, Klauseikių ir kitų piliakalnių, pilkapių bei kapinynų.
Muziejaus eksponatų fondas saugo išeivijos lietuvių dovanas: Dana Binkis iš Australijos dovanojo savo tėvo L. Bertašiaus 1920–1930 m. Skuodo miesto visuomeninio gyvenimo fotografijas ir medalius, M. B. Stankūnienė iš Čikagos dovanojo paveikslų – medžio raižinių ir batikos darbų kolekciją.
Muziejuje yra 4 ekspozicinės salės, kuriose paruoštos nuolatinės ekspozicijos: „Skuodo miesto formavimosi istorija“, „Skuodo krašto senieji kaimo amatai ir moterų darbai–Žemaičių troboje“, „Skuodo sportinės veiklos istorija“, „Skuodo krašto tautodailės istorija“.
Nuolat rengiamos laikinos ekspozicijos ir parodos iš muziejaus fondų, paminint įvairias krašto istorines datas, apžvelgiant istorinius vystymosi etapus. Parodų salėse ir muziejaus menėje rengiamos tautodailininkų, liaudies menininkų darbų, profesionaliojo meno, kitos įvairios parodos. Parodos pristatomos kas mėnesį, dalyvaujant Skuodo meno mokyklos mokytojų ir moksleivių, Skuodo kultūros centro ansambliams.
Muziejus glaudžiai bendradarbiauja su Lietuvos kraštotyros draugijos Skuodo skyriumi, renkama kraštotyros medžiaga, rašomi kraštotyros darbai, organizuojamos šių darbų parodos. Sukauptas kraštotyros darbų fondas, kuriuo naudojasi muziejaus lankytojai, studentai, mokytojai, mokiniai ir kiti besidomintys krašto istorija.
Skuodo muziejus teikia pagalbą rajono tautodailininkų skyriui: padeda organizuoti tautodailininkų veiklą, rengia ir pristato darbų parodas muziejuje, įgyvendina projektus, kasmet rengia ataskaitines rajono tautodailininkų parodas per Kalėdas, Naujųjų Metų ir Kalėdų vakarones.
Iš viso muziejuje dirba 7 darbuotojai, iš jų tik keturi muziejininkai: direktorė, vyr. rinkinių kuratorė, istorikė, archeologė. Kiti trys – techniniai darbuotojai.
Muziejus – istorijos šventovė, jis saugo mūsų Skuodo žemės istorijos, kultūros paveldą. Muziejuje pastoviai organizuojama veikla: rengiamos parodos, renkami ir inventorizuojami eksponatai, dirbamas tiriamasis darbas, vedamos ekskursijos, organizuojami kultūriniai renginiai.
Muziejų lanko skuodiškiai, Skuodo ir aplinkinių rajonų gyventojai, atvažiuojantys į Skuodą užsienio turistai ir Skuodo svečiai. Didžioji dalis lankytojų yra moksleiviai, studentai, kuriems reikia istorinės medžiagos rašant kursinius, diplominius, projektinius darbus. Tai verčia muziejaus darbuotojus ieškoti naujų, netradicinių darbo formų, dirbti edukacinį darbą.