Muziejus įsteigtas 1991 m. gruodžio 30 d. Skuodo rajono valdybos potvarkiu. Pirmiesiems lankytojams Skuodo muziejus duris atvėrė 1992 m. rugpjūtį, pažymint Skuodo miesto savivaldos 420-ąsias metines. Muziejaus steigimo entuziastai – Juozas Vyšniauskas, Evaldas Razgus, Vytautas Mačiulis, Rymantė Šmaižienė ir tuo metu Skuodo savivaldybei bei Kultūros skyriui vadovavę žmonės. Tai žmonės, kurie prabilo apie muziejaus reikalingumą Skuode ir, jiems padedant, buvo įsteigtas muziejus.
Muziejus įkurtas Skuodo dvarvietės patalpose, kurios mena daugybę istorinių Skuodo miesto įvykių. Šiame pastate 1918 m. buvo įkurta pirmoji Skuodo gimnazija, vėliau veikė įvairios kultūrinės įstaigos, o paskutinė – muzikos mokykla. Todėl muziejaus pastate ir šiandien gyva istorinė bei muzikinė dvasia.
Pirmasis muziejaus direktorius buvo Evaldas Razgus. Jis kūrė muziejų, organizavo jo veiklą. Jam vadovaujant, muziejus paminėjo ir savo penkmetį. Kartu su direktoriumi pradėjo dirbti vyr. fondų saugotoja Aldona Ozolienė. Tai buvo sunkiausias laikotarpis – kūrimosi metas. Muziejus gavo tik patalpas, tačiau neturėjo jokio palikimo ar eksponatų. Pirmiausia reikėjo paruošti ir sutvarkyti patalpas, pasirūpinti ekspoziciniais baldais. Kitas svarbus uždavinys buvo eksponatų rinkimas ir kaupimas.
Pirmuosius eksponatus muziejui dovanojo privatūs asmenys: J. Vyšniauskas, V. Girdžiūnas, R. Šmaižienė, P. Brazauskas ir daugelis kitų. Dalį eksponatų perdavė Bartuvos vidurinė mokykla iš buvusio savo muziejaus. Eksponatai taip pat buvo perkami iš Skuodo rajono savivaldybės skirtų lėšų bei muziejaus specialiųjų fondų. Kasmet muziejaus fondai pasipildo žmonių dovanotais eksponatais, kurie renkami per ekspedicijas ir išvykas.
1997 m. muziejuje buvo įsteigtas istoriko etatas, kurį užėmė Irena Marcinkevičienė. Tais pačiais metais, Evaldui Razgui išėjus į kitas pareigas, ji tapo muziejaus direktore. Nuo 2002 m. muziejui vadovauja Aldona Ozolienė.
Šiuo metu muziejuje sukaupta per 20 000 eksponatų. Didžiąją jų dalį sudaro etnografiniai, istoriniai ir tautodailės eksponatai. Muziejus turi gausią archeologijos kolekciją, kurioje saugomi radiniai iš Apuolės, Klaišių, Klauseikių ir kitų piliakalnių, pilkapių bei kapinynų.
Muziejaus fonduose taip pat saugomos išeivijos lietuvių dovanos. Dana Binkis iš Australijos muziejui padovanojo savo tėvo L. Bertašiaus 1920–1930 m. Skuodo miesto visuomeninio gyvenimo fotografijas ir medalius. M. B. Stankūnienė iš Čikagos dovanojo paveikslų – medžio raižinių ir batikos darbų kolekciją.
Muziejuje veikia keturios ekspozicinės salės su nuolatinėmis ekspozicijomis:
„Skuodo miesto formavimosi istorija“
„Skuodo krašto senieji kaimo amatai ir moterų darbai – Žemaičių troboje“
„Skuodo sportinės veiklos istorija“
„Skuodo krašto tautodailės istorija“
Nuolat rengiamos laikinos ekspozicijos ir parodos, skirtos įvairioms krašto istorinėms datoms, vystymosi etapams apžvelgti. Parodų salėse ir muziejaus menėje eksponuojami tautodailininkų, liaudies menininkų bei profesionalaus meno darbai. Parodos pristatomos kas mėnesį, jose dalyvauja Skuodo meno mokyklos mokytojai ir moksleiviai, Skuodo kultūros centro ansambliai.
Muziejus glaudžiai bendradarbiauja su Lietuvos kraštotyros draugijos Skuodo skyriumi – renkama kraštotyros medžiaga, rengiamos parodos ir rašomi kraštotyros darbai. Sukauptą kraštotyros fondą aktyviai naudoja muziejaus lankytojai, studentai, mokytojai ir mokiniai.
Skuodo muziejus teikia pagalbą rajono tautodailininkams – padeda organizuoti veiklą, rengia bei pristato darbų parodas, įgyvendina projektus. Kasmet per Kalėdas, Naujųjų metų ir Kalėdų vakarones muziejuje vyksta ataskaitinės rajono tautodailininkų parodos.
Muziejuje dirba 7 darbuotojai, iš jų – keturi muziejininkai: direktorė, vyr. rinkinių kuratorė, istorikė ir archeologė. Likę trys darbuotojai atlieka techninius darbus.
Skuodo muziejus yra tikra istorijos šventovė, sauganti Skuodo krašto kultūros paveldą. Čia nuolat vyksta įvairi veikla: rengiamos parodos, renkami ir inventorizuojami eksponatai, vykdomi tiriamieji darbai, vedamos ekskursijos, organizuojami kultūriniai renginiai.
Muziejų lanko ne tik skuodiškiai, bet ir aplinkinių rajonų gyventojai, užsienio turistai bei miesto svečiai. Didžiąją dalį lankytojų sudaro moksleiviai ir studentai, kuriems muziejaus medžiaga reikalinga kursiniams, diplominiams ir projektiniams darbams. Tai skatina muziejaus darbuotojus ieškoti naujų, netradicinių darbo formų, plėsti edukacinę veiklą.